Обязан ли платить деньги в бюджет, при оплате счета с НДС.
Нет. Если поставщик применяет УСН, но выставляет счет-фактуры с выделенным НДС, он и будет перечислять налог в бюджет. Покупатель принимает входные документы и в платежном поручении обязательно выделяет сумму НДС.
Отправка уточненной и первичной НДС в любую налоговую инспекцию.